A Diocese de Joaçaba possui uma diversidade de Congregações Religiosas que caracterizam o rosto desta Igreja Particular.  São elas:

Município de Concórdia
Freis Franciscanos
Padres Camilianos
Irmãs de São José de Chabéry

Município de Tangará
Padres Salvatorianos

Município de Campos Novos
Irmãs Salesianas
Padres Scalabrinianos
Irmãs de Notre-Dame

Município de Joaçaba
Irmãs Catequistas Franciscanas
Irmãos Maristas
Missionários Servos dos Pobres

Município de Luzerna
Freis Franciscanos

Município de Capinzal
Freis Capuchinhos